Pour l'électrophorèse sur gel, quels paramètres prendre en compte pour choisir entre amidon, polyacrylamide ou agarose?

Pour choisir le type de gel pour l'électrophorèse, à savoir entre l'amidon, le polyacrylamide et l'agarose, plusieurs paramètres techniques doivent être pris en compte :

1. **Nature des molécules à séparer** :
- **Amidon** : Utilisé principalement pour la séparation des protéines. Il est moins couramment utilisé aujourd'hui en raison de la popularité des gels de polyacrylamide.
- **Polyacrylamide** : Idéal pour la séparation des protéines, des peptides et parfois des acides nucléiques. Les gels de polyacrylamide (PAGE) offrent une résolution élevée et peuvent être ajustés pour avoir différentes tailles de pores en variant la concentration d'acrylamide.
- **Agarose** : Principalement utilisé pour la séparation des acides nucléiques (ADN et ARN). Les gels d'agarose sont plus appropriés pour la séparation de grandes molécules (> 200 bp pour ADN).

2. **Résolution et porosité** :
- **Amidon** : Les gels d'amidon ont des pores relativement larges mais moins bien définis que ceux de polyacrylamide.
- **Polyacrylamide** : Les gels de polyacrylamide permettent de contrôler précisément la taille des pores, ce qui est crucial pour la séparation fine des molécules. Ils offrent une excellente résolution pour des protéines allant de 5 kDa à 2,000 kDa.
- **Agarose** : Les gels d'agarose ont des pores plus grands et sont utilisés pour séparer des molécules d'ADN de taille allant de quelques centaines à des dizaines de milliers de paires de bases.

3. **Facilité et simplicité de préparation** :
- **Amidon** : La préparation est plus laborieuse et moins standardisée par rapport aux gels de polyacrylamide et d'agarose.
- **Polyacrylamide** : La préparation est un peu plus complexe que l'agarose car elle nécessite la polymérisation de l'acrylamide avec un agent catalyseur (généralement TEMED et APS).
- **Agarose** : Simple à préparer, il suffit de dissoudre l'agarose dans un tampon chauffé, puis de le laisser refroidir pour qu'il se solidifie.

4. **Compatibilité avec les techniques de détection et analyse** :
- **Amidon** : Moins compatible avec les techniques modernes de détection.
- **Polyacrylamide** : Compatible avec une large gamme de techniques de détection comme le Western Blotting, la coloration Coomassie, la coloration argent, et les techniques de transfert.
- **Agarose** : Compatible avec de nombreuses techniques de détection d'ADN telles que l'électrophorèse en gel, la PCR et les analyses de restriction enzymatique.

**Produits correspondants** :
- **Pour les protéines (Polyacrylamide)** : La cellule d'électrophorèse verticale Innova Vertical Electrophoresis Cell pourrait être utilisée, offrant une excellente compatibilité pour les gels de polyacrylamide et une conductivité optimale.

- **Pour les acides nucléiques (Agarose)** : L'Electrophoresis Power Supply est un appareil adapté pour l'électrophorèse sur gel d'agarose, offrant un contrôle précis des conditions d'électrophorèse pour l'analyse des ADN/ARN.

En conclusion, le choix entre amidon, polyacrylamide et agarose dépend principalement de la nature des molécules à séparer, de la résolution requise, de la simplicité de préparation et de la compatibilité avec les techniques de détection post-électrophorèse.