Comment Traiter les échantillons de selles pour l'extraction d'ADN
Les échantillons de selles présentent une complexité notable en raison de leur diversité en micro-organismes, macromolécules, métabolites et matières non digérées. La composition fécale est soumise à l'influence de divers facteurs tels que le régime alimentaire et la santé de l'individu, ce qui confère aux échantillons de selles un intérêt particulier pour la recherche.
Lorsque l'on travaille avec des échantillons aussi complexes, il devient crucial que le protocole d'homogénéisation assure une lyse efficace de l'ensemble des micro-organismes, garantissant ainsi une représentation fidèle de la communauté microbienne pour les analyses subséquentes.
L'usage de billes dans le processus de lyse est impératif pour parvenir à une lyse suffisante des bactéries Gram-positives. Par rapport aux méthodes qui ne font pas appel à l'utilisation de billes, cette technique peut non seulement accroître le rendement total d'ADN extrait, mais aussi améliorer la qualité de l'ADN génomique obtenu.
Grâce à l'adoption d'une matrice appropriée et d'un protocole de lyse adéquat, il est possible d'obtenir une représentation précise des micro-organismes présents, ce qui rehausse la précision des résultats et accélère le processus global de traitement des échantillons.
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1.Choisir la matrice de lyse adéquate
Les matrices de lyse présentent des variations en termes de matériaux, de forme et de taille, ce qui influe sur leur niveau d'efficacité. Étant donné que les échantillons fécaux sont de consistance molle et principalement constitués de micro-organismes et d'eau, une matrice de lyse modérément agressive s'avère suffisante. Les billes les moins agressives sont celles qui sont de petite taille, sphériques et fabriquées à partir de matériaux de faible densité.
Parmi les matériaux couramment utilisés pour le traitement des échantillons de selles, on retrouve :
- Céramique
- Silice
- Verre
- Une combinaison des options précédentes (ce qui s'avère souvent idéal en raison de la complexité inhérente aux échantillons fécaux)
Un exemple de matrice de lyse efficace est la version E proposée par MP Bio, laquelle est constituée de sphères de céramique d'un diamètre de 1,4 mm, de sphères de silice de 0,1 mm et de billes de verre de 4 mm. Cette matrice a prouvé son succès dans le traitement d'échantillons de selles ainsi que d'échantillons environnementaux (tels que le sol, les sédiments marins et les eaux usées). Il est important de choisir la taille de contenant appropriée en fonction des dimensions et de la quantité de l'échantillon.
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2.Utiliser votre matrice de lyse
Le traitement des échantillons de selles revêt une importance cruciale pour diverses applications pratiques et domaines de recherche, notamment :
- Identification bactérienne
- Analyse métagénomique du microbiome intestinal
- Extraction d'ADN de parasites à partir d'échantillons fécaux
- Analyses médico-légales
Le protocole spécifique à suivre dépend de l'application et des expériences à réaliser par la suite. Cependant, quelques principes fondamentaux demeurent constants lors de l'utilisation de la Matrice de Lyse E.
Il est possible d'homogénéiser des échantillons de selles frais ou congelés. Toutefois, il est essentiel de noter que plus la teneur en eau est élevée, plus il y a de risques de formation de cristaux de glace. Ces cristaux pourraient altérer l'intégrité de l'ADN.
Pour obtenir une homogénéisation complète, rapide et reproductible, il est recommandé d'utiliser un système de battage de billes dédié, comme les instruments FastPrep.
Afin d'optimiser votre flux de travail, vous pouvez envisager d'adopter un kit spécialement conçu pour les échantillons fécaux. Ce choix vous permettra de bénéficier des avantages du battage de billes. Par exemple, le kit FastDNA TM Spin dédié aux matières fécales ainsi que le kit FastDNA TM Spin pour le sol de MP Bio pourraient être des options intéressantes.
